As seguintes áreas definem-se como endógenas da MARE STARTUP:
- Biodiversidade marinha;
- Qualidade ecológica;
- Avaliação ambiental;
- Aquacultura;
- Biotecnologia;
- Recursos marinhos;
- Gestão ambiental;
- Alterações climáticas;
- Riscos naturais;
- Governança marítima;
- Ordenamento do espaço marítimo;
- Logística e transportes;
- Energia;
- Direito do mar;
- Direito empresarial;
- Políticas públicas do mar;
- Economia do mar;
- Economia e Gestão;
- Empreendedorismo.